ترکیبات کربنی که در فرآیند فتوسنتز ساخته میشود نقشهای زیادی در رشد و تنفس گیاه به عهده دارند. و به عنوان یک منبع انرژی و نیز ساختمان کربنی برای ساختن ترکیبات کربنی دیگر میباشد. چگونگی توزیع ترکیبات کربنی حاصل از فتوسنتز و اختصاص آنها به فرآیندهای مختلف فیزیولوژیکی و قسمتهای مختلف گیاه تحت عنوان تخصیص کربن تشریح خواهد شد. چون محصولات زراعی برای محصول قابل برداشت کشت میشوندِ، تخصیص کربن در محصولات کشاورزی به صورت قابل ملاحظه ای مورد توجه است. اگرچه کارایی فتوسنتز در جذب انرژی حدود ۲۰٪ است، کارایی فرآیند تبدیل فتوسنتز به بیوماس به ندرت از ۲٪ بالاتر است. پایین بودن کارایی به علتتنفس داخلی است(اکسیداسیون فتوسنتز برای نگهداری سلولها) که اکثر مواد حاصل از فتوسنتز را مصرف میکند و نیز تنفس نوری که مواد فتوسنتزی را در زمانی که فتوسنتز بالقوه در بالاترین مقدار خود است محدود میکند.

اکثر تحقیقات در مورد بهبود عملکرد محصولات کشاورزی از طریق افزایشکارایی تثبیت کربن است. اما این کار به طور کلی ناموفق بوده است. مبانی افزایش عملکرد محصولات کشاورزی در بهنژادی از طریق افزایش بیوماس قابل برداشت نسبت به بیوماس کل میباشد. چ.ن توانایی گیاهان برای تولید بیوماس محدود است، چگونگی اختصاص یافتن کربن تثبیت شده در کشاورزی مهم میباشد. انسان گیاهانی را انتخاب میکند که مواد فتوسنتزی آنها بیشتر به اندامهای قابل برداشت منتقل میشود.

در اکثر محصولات بخش قابل برداشت از توانایی فتوسنتزی محدودی برخوردار است.

افزایش عملکرد تا حدود زیادی بستگی به مقدار هیدارات کربنی دارد که از طریق، آوندهای آبکش با فعالیت فتوسنتزی سایر قسمتهای گیاه به قسمتهای قابل برداشت منتقل میشود.

از نظر اکولوژیکی، اغلب به تخصیص کربن به عنوان مسیر منبع و پدیده مخزن اشاره میشود. برگها و بخصوص کلروپلاستها معمولا منبع به شمار می آیند. تحقیقات زیادی بر روی فیزیولوژی و بیوشیمی انتفال کربن در خارج کلروپلاست و مسیر انتقال آن انجام شده است. مجموعه پیچیده ای از عوامل شیمیایی و آنزیمها در این فرآیند، دخیل هستند. کربن از طریق آوند آبکش پس از عبور از ساقه به طرف دانه، گلها، غده ها یا دیگر قسمتها که به عنوان مخزن هستند، حرکت میکند. در این نقطه آوند آبکش تخلیه میشود و مخزن محتویات آن را جذب میکند. عمل انتقال از رشته های آوندی به بافتهای مخزن اغلب براساس گرادیان غلظت قند میباشد.

تولیدات فتوسنتز شامل ترکیبات کربن، اکسیژن و هیدروژن میباشد که بطور متوسط ۹۰٪ وزن خشک گیاه را تشکیل میدهند. در هر صورت ارتباط نزدیکی بین فتوسنتز و تولیدات گیاهی وجود دارد. سرعت فتوسنتز کل با سرعت در واحد سطح برگ و نیز تولید سطح برگ جدید در ارتباط است اما این دو نیز به سرعت انتقال، از منبع به مخزن بستگی دارند. هنگامی که برگهای جدید در حال تشکیل هستند کربن به وسیله برگهای کاملا توسعه یافته دریافت میشود، تنها پس از تشکیل همه برگها انتقال به سایر مخزنها میتواند صورت پذیرد. پس از بسته شدن کانوپی، فتوسنتز و رشد محصول عمدتا به تثبیت خالص کربن در واحد سطح برگ بستگی دارد.